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-Hey-

利用VPS搭建SSR

2019-03-08

Tips Tips

VPN SSR Tips

购买VPS服务器
ShadowsocksR服务器端设置

购买VPS服务器

我购买的是CLOUDCONE的，赶上促销，价格很便宜，关键是它支持支付宝付款：

RAM	CPU	DISK	BandW	Cost	Link
512M	1核	15G	1T/月	$21.7/年	链接
1G	1核	20G	1T/月	$32.32/年	链接
2G	1核	40G	1T/月	$37.68/年	链接
2G	1核	60G	2T/月	$53.93/年	链接
3G	2核	75G	2T/月	$75.44/年	链接

因为我只是用来做SSR，因此购买最低配的就可以了，首先用支付宝打钱到自己的账户，只需要金额大于等于你所需即可：

然后设置好Hostname，再Deploy Server即可：

机器配置好之后，你会得到一个IP，可以通过这个IP管理远程服务器：ssh root@YourIP -p 22，如果可以访问的话就OK，如果不能的话，就只能把它destroy再重新购买了，我当初试了10来次才找到一个没被ban的IP。

ShadowsocksR服务器端设置

连接到服务器后，安装并执行脚本

wget -N --no-check-certificate https://raw.githubusercontent.com/CecilWu/SSR-Chinese/master/ssr.sh && chmod +x ssr.sh && bash ssr.sh

一切正常的话你会看到：

这里就是SSR的设置，首次安装的话按1进入安装步骤：

首先是端口设置，按照提示设置即可，比如我们最喜欢的1024端口，密码自己设，加密方式我选择的是aes-256-cfb。

按照这个作者提示的做就行。

因为我是自己用，所以后面几部我全部用的默认无限，然后到了这里就设置好了：

把IP地址、端口号、加密方式记下来，填写到SSR客户端即可享受没有墙的世界了。

如果不能用的话，可以重新执行./ssr.sh按照提示修改端口号或者加密信息。

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Vim基础

2019-03-02

Tips Tips

Vim

常用基本操作

本文持续更新

常用基本操作

按键	操作
i/I	当前字符前插入/行首插入
a/A	当前字符后插入/行末插入
Esc	进入命令行操作模式
!	强制执行
:q	退出
:w	保存文件
:wq/:x	保存并退出
o/O	当前行下/上新增一行并插入
h/j/k/l	左/下/上/右
x/X	删除当前光标/之前一个字符
r/R	单字替换/一直替换
s/S	删除单字/删除单行并进入编辑模式
$/0	进入行末/进入行首
e/b	移动到下一个词尾/移动到上一个词首
^	移动至行字首
H/M/L	移至窗口第一行/中间/最后一行
G	移至文件最后一行
:n	进入第n行
n+/n-	进入所在行之后/前n行
d/y/p	剪切/复制/黏贴
dd/yy	删除/复制单行
u/U	撤销之前一次/所有操作
Ctrl+r	恢复撤销
/字符串	向后查找
?字符串	往前查找
n/N	向下/上查找一个相同的字符串
%	查找“(”，“)”，“{”，“}”的配对符
:e	放弃所有修改并重新载入文件
ZZ	保存并退出

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VirtualBox一些设置

2018-11-16

Tips Tips

Virtualbox SSH

把Ubuntu默认更新源更改为阿里源

本文持续更新’

把Ubuntu默认更新源更改为阿里源

Ubuntu存放更新源的信息位于etc/apt/sources.list文件，因此我们只需要修改该文件即可。

首先备份一下源文件：

sudo cp /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.bak.2018_11_17

然后用vim添加下列信息进去：

deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-security main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-security main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-updates main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-updates main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-backports main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-backports main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-proposed main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-proposed main restricted universe multiverse

里面的bionic是ubuntu的版本号信息，我装的是18.04，版本号就是bionic。

可以通过lsb_release -a查看版本号信息。

当然最后别忘记更新一下：

#更新软件列表
sudo apt-get update
#更新软件包
sudo apt-get upgrade

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一些常用的终端设置

2018-11-11

Tips Tips

Terminal

设置终端为短路径
设置终端颜色
设置alias
设置vim语法高亮
设置tab智能补全
让终端显示行号
设置代码自动补全
- 安装Vundle
- 安装YouCompleteMe插件
  - ubuntu
  - CentOS

本文将持续更新

本文引用KeithTt的博文，我只是收集给自己看的，感谢分享。

设置终端为短路径

在~/.bashrc文件中，找到PS1变量，将其中的\w\变成大写的\W\，重新source一下即可。

设置终端颜色

Mac终端的设置保留在~/.bash_profile文件中，如果没有的话，直接touch一个，把这些attach上去：

#enables colorin the terminal bash shell export
export CLICOLOR=1

#sets up thecolor scheme for list export
export LSCOLORS=gxfxcxdxbxegedabagacad

#sets up theprompt color (currently a green similar to linux terminal)
export PS1='\[\033[01;32m\]\u@\h\[\033[00m\]:\[\033[01;36m\]\w\[\033[00m\]\$ '

#enables colorfor iTerm
export TERM=xterm-color

完成后载入配置：

$ source .bash_profile

其中LSCOLORS的意义为：

a       black
b       red
c       green
d       brown
e       blue
f       magenta
g       cyan
h       light grey
A       bold black, usually shows up as dark grey
B       bold red
C       bold green
D       bold brown, usually shows up as yellow
E       bold blue
F       bold magenta
G       bold cyan
H       bold light grey; looks like bright white
x       default foreground or background

文件类型：
1. directory
2. symbolic link
3. socket
4. pipe
5. executable
6. block special
7. character special
8. executable with setuid bit set
9. executable with setgid bit set
10. directory writable to others, with sticky bit
11. directory writable to others, without sticky

设置alias

Mac的终端是没带一些常用的alias命令的，可以把这些照例添加的终端的配置文件~/.bashrc_profile中：

#some alias
alias ll = "ls -lG"
alias la = "ls -a"

设置vim语法高亮

vim的配置文件在~/.vimrc中：

syntax on
set ruler

设置tab智能补全

终端自带的tab补全比较严格，大小写，空格之类常见的都不能有。这些保存在~/.inputrc文件中：

set completion-ignore-case on
set show-all-if-ambiguous on
TAB: menu-complete

不仅要source，可能还需要重启终端。

让终端显示行号

在.vimrc中插入set number然后source ~/.vimrc即可。

设置代码自动补全

需要保证你的Vim版本大于7.3584。

安装Vundle

首先在~目录下创建.vimrc文件，如果有则无视。

然后用git把Vundle克隆下来：

$ git clone https://github.com/VundleVim/Vundle.vim.git ~/.vim/bundle/Vundle.vim

将以下内容保存到.vimrc文件:

""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""
 
set nocompatible              " be iMproved, required
filetype off                  " required
"设置Vundle的运行路径并初始化
set rtp+=~/.vim/bundle/Vundle.vim
call vundle#begin()
" Vundle安装位置与插件路径不同时，需要Vundle插件的路径
"call vundle#begin('~/some/path/here')
"------------------要安装的插件不能写在此行前！------------------
 
"Vundle对自己的调用，不可删去
Plugin 'VundleVim/Vundle.vim'
"以下是所支持的各种不同格式的示例
"需要安装的插件应写在调用的vundle#begin和vundle#end之间
"如果插件托管在Github上，写在下方，只写作者名/项目名就行了
 
Plugin 'Valloric/YouCompleteMe'
Plugin 'majutsushi/tagbar'
Plugin 'vim-syntastic/syntastic'
Plugin 'vim-airline/vim-airline-themes'
Plugin 'vim-airline/vim-airline'
 
"如果插件来自vim-scripts(官方)，写插件名就行了
" Plugin 'L9'
 
"如果Git仓库不在Github上，需要提供完整的链接
" Plugin 'git://git.wincent.com/command-t.git'
 
"本地的插件需要提供文件路径
" Plugin 'file:///home/gmarik/path/to/plugin'
"一定要确保插件就在提供路径的文件夹中(没有子文件夹，直接在这层目录下)
"运行时目录的路径
"Plugin 'rstacruz/sparkup', {'rtp': 'vim/'}
"避免插件间的命名冲突
"Plugin 'ascenator/L9', {'name': 'newL9'}
"------------------要安装的插件不能写在此行后！------------------
call vundle#end()            " required
filetype plugin indent on    " required
"要忽略插件缩进更改，请改用：
"filetype plugin on
"
" 安装插件的相关指令
":PluginList			- 列出已安装插件
":PluginInstall			- 安装新添加的插件;添加`!`或使用`:PluginUpdate`来更新已安装插件
":PluginSearch xxx		- 寻找名字带有xxx的插件;添加`!`刷新本地缓存
":PluginClean			- 删除已经从列表移除的插件;添加`!`静默卸载
":h						- 帮助和说明文档 
"Vundle的设置到此为止了
"
"该配置文件来自_YingCao的博客，感谢分享，原文内容在：https://blog.csdn.net/qq_33505303/

最后在vim中执行:PluginInstall即可，这步会有点漫长，推荐去看篇文献或者去吃个饭。

安装YouCompleteMe插件

ubuntu

首先安装cmake和python头文件：

sudo apt install cmake
sudo apt install python3-dev
#更新一下，安装essential
sudo apt update
sudo apt install -y build-essential

然后cd ~/.vim/bundle/YouCompleteMe进行安装：

python3 install.py --clang-completer

这个过程大概十几分钟，具体根据网速而定。

CentOS

突发奇想在阿里云买了三个月的主机玩玩，结果登上去发现带的Vim是7.4的不支持YCM，于是开始更新Vim：

# 卸载老版本
yum remove vim -y
#安装ncurses
yum -y install ncurses-devel.x86_64
#安装git
yum -y install git
#克隆vim下来
git clone https://github.com/vim/vim.git
#安装vim
cd vim/src
make
make install
#添加路径
vi /etc/profiled.d/path.sh
---
#!/bin/bash
export PATH=$PATH:/usr/local/bin/vim
---
source /etc/profiled.d/path.sh

然后按之前ubuntu类似的操作修改.vimrc文件下载YCM等等。

但是在编译安装YCM的时候我又遇到了编译器的问题，尼玛！于是：

yum install -y python36-devel.x86_64
 yum install -y gcc gcc-c++ ncurses-devel bison

然后再:

python36 install.py --clang-completer

还是不行，提示：

YouCompleteMe unavailable: requires Vim compiled with Python (2.7.1 or 3.4 )

然后vim -v | grep python一看，原来这个版本的vim不支持python，得了换个能兼容的版本吧：

#先看看系统内的vim，能卸载的全给卸载了
rpm -qa | grep vim
#xxxx是你看到的vim
sudo rpm -e xxxxx
#获取vim源码
wget ftp://ftp.vim.org/pub/vim/unix/vim-8.1.tar.bz2
#解压
tar -xjf vim-8.1.tar.bz2
cd vim81
#安装
./configure --enable-multibyte --enable-rubyinterp=yes --enable-pythoninterp=yes --enable-python3interp=yes
#这里我遇到了一些问题，chmod +x configure可解决
make
make install

然后再vim -v | grep python看看，这下显示能兼容python3了，但是我的/usr/local/bin目录里头没有python3，只有python、python36之类的，不过既然它只要求python3，那么我们直接软连接一个好了：

ln -s /usr/local/bin/python36 /usr/local/bin/python3

然后重新执行python36 install.py --clang-completer，顺利通过。

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MAFFT序列比对图文教程 - 小白

2018-11-10

Tutorials Tutorials

Tutorial Biology
MAFFT介绍

MAFFT是一款类似于ClusterW的多重序列比对软件,想了解详细信息的可以上他们的官网看看。关于多重序列比对软件的选择，想了解的童鞋可以看一下这篇文章：

Wong K M, Suchard M A, Huelsenbeck J P. Alignment uncertainty and genomic analysis. Science, 2008, 319: 473-6.

下载

MAFFT是全平台支持的，请根据自己的系统，到官网下载对应的软件版本。我下载的是2018-08-22的win64版本：

https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/mafft-7.409-win64-signed.zip

下载好之后解压到任何想防止的地方，我没试过中文路径有没有影响，如果想避免麻烦的话，直接放到英文路径即可。

使用

进入文件目录，双击mafft.bat文件，即可打开软件：

1. 载入序列

将FASTA格式的序列复制到软件目录，然后拖到窗口即可载入序列：

2. 选择输出文件

在窗口填写输出文件名，然后按enter，这个随意命名：

3. 选择输出格式

有6种输出格式可选：

Output format?
1. Clustal format / Sorted
2. Clustal format / Input order
3. Fasta format / Sorted
4. Fasta format / Input order
5. Phylip format / Sorted
6. Phylip format / Input order
一般我们就选4好了，让它按照源文件顺序输出比对好的fasta格式文件即可。然后会让你选择比对方式，有6种可选：

Strategy?
1. –auto
2. FFT-NS-1 (fast)
3. FFT-NS-2 (default)
4. G-INS-i (accurate)
5. L-INS-i (accurate)
6. E-INS-i (accurate)
如果也是跟我一样的小白，直接选1好了。附带参数也别管了，直接确定即可。然后再按确定即可完成比对：

出现类似这样的，就是跑完了：

然后直接按确定退出比对，比对完成之后在软件目录我们会得到一个输出结果，我们直接把它拷到我们想要的目录即可。

4. 绘制比对结果图

推荐ESPript进行着色，它的网址是：

http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi

最好用Chrome浏览器打开，我之前用过Safari好像最后不会弹出结果窗口。

首先在Aligned Sequence处把我们的比对结果选上；

然后把二级结构的PDB文件勾上；

再点击SUBMIT即可：

对了，别忘记勾选输出格式，一般我就默认，方便后续修改字体和排列啥的。

然后会弹出一个窗口：

点击对应的文件，就是最终的比对结果了：
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一些准备小小的工作

2018-11-09

Tutorials Tutorials

Tutorial Github
- Ubuntu下使用Git
一些准备工作

Ubuntu下使用Git

安装git：

sudo apt install git

生成SSH Keys：

ssh-keygen -t rsa -C "stogqy@gmail.com"

按照提示操作即可，默认的key保存位置是：～/.ssh

复制SSH key到Github：

复制～/.ssh/id_rsa-pub中的内容

登录github->Settings->SSH and GPG keys->New SSH key，就像这样：

测试是否成功：

ssh -T git@github.com

如果看到这样的，就成功了：

Clone项目到本地：

git clone git@github.com:stogqy/stogqy.github.io

这就完成了远程库的克隆。然后每次更改之后先按照如下操作：

git add . #将所有操作都添加到暂存区

git commit -m "your words here" #添加comments

git push #上传操作

每次都快执行这些操作。

如何插入图片

每次插入图片都非常烦，如果仅仅是本地预览的话，我的方法是在typora的表头加入这么一句话：

typora-root-url: ..

然后在_posts/Pics目录下按照日期建立对应的图片文件夹，比如我现在这个是20181109，然后将图片拷贝到这个文件夹内，按照这个方法插入：

![imgx](./Pics/20181109/y.png) #这个x是对应的序号，y是你的文件名字，通常为了方便我都是1、2、3、4这样的序号，反正一天的也不会有太多，这样比较好找

这样就能正确看到图片了。

但是Github博客却不能正确显示图片，非常奇怪，因此我按照这个方式把图片拷贝进目录之后，按照这个格式写图片的路径：

https://raw.githubusercontent.com/stogqy/stogqy.github.io/master/_posts/Pics/20181109/3.png

就能看到正确的图片了，当然就是有点麻烦，每次都要拷一堆东西进来，而且本地预览的时候都需要联网加载，这也意味着如果不fetch上去的话，一开始是看不到自己的图片的，只能先本地预览，然后再转换成网址再上传，好蛋疼！
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