MAFFT序列比对图文教程 - 小白

• MAFFT介绍
• 下载
• 使用

MAFFT介绍

MAFFT是一款类似于ClusterW的多重序列比对软件,想了解详细信息的可以上他们的官网看看。关于多重序列比对软件的选择，想了解的童鞋可以看一下这篇文章：

Wong K M, Suchard M A, Huelsenbeck J P. Alignment uncertainty and genomic analysis. Science, 2008, 319: 473-6.

下载

MAFFT是全平台支持的，请根据自己的系统，到官网下载对应的软件版本。我下载的是2018-08-22的win64版本：

https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/mafft-7.409-win64-signed.zip

下载好之后解压到任何想防止的地方，我没试过中文路径有没有影响，如果想避免麻烦的话，直接放到英文路径即可。

使用

进入文件目录，双击mafft.bat文件，即可打开软件：

1. 载入序列

将FASTA格式的序列复制到软件目录，然后拖到窗口即可载入序列：

2. 选择输出文件

在窗口填写输出文件名，然后按enter，这个随意命名：

3. 选择输出格式

有6种输出格式可选：

Output format?

1. Clustal format / Sorted

2. Clustal format / Input order

3. Fasta format / Sorted

4. Fasta format / Input order

5. Phylip format / Sorted

6. Phylip format / Input order

一般我们就选4好了，让它按照源文件顺序输出比对好的fasta格式文件即可。 然后会让你选择比对方式，有6种可选：

Strategy?

1. –auto

2. FFT-NS-1 (fast)

3. FFT-NS-2 (default)

4. G-INS-i (accurate)

5. L-INS-i (accurate)

6. E-INS-i (accurate)

如果也是跟我一样的小白，直接选1好了。 附带参数也别管了，直接确定即可。然后再按确定即可完成比对：

出现类似这样的，就是跑完了：

然后直接按确定退出比对，比对完成之后在软件目录我们会得到一个输出结果，我们直接把它拷到我们想要的目录即可。

4. 绘制比对结果图

推荐ESPript进行着色，它的网址是：

http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi

最好用Chrome浏览器打开，我之前用过Safari好像最后不会弹出结果窗口。

首先在Aligned Sequence处把我们的比对结果选上；

然后把二级结构的PDB文件勾上；

再点击SUBMIT即可：

对了，别忘记勾选输出格式，一般我就默认，方便后续修改字体和排列啥的。

然后会弹出一个窗口：

点击对应的文件，就是最终的比对结果了：